Als in den Jahren 1858-1874 die Stadtmauern abgetragen wurden, entstand nicht nur die Ringstrasse, sondern auch im Bereich der ehemaligen Arsenale ein neues Stadtviertel, welches sich bald unter der Bezeichnung "Tuchviertel " etablierte.

Zur medizinischen Nahversorgung der Bewohner und der zahlreichen Handelsbetriebe gehörte naturgemäß auch eine Apotheke. Diese wurde 1871 am Rudolfsplatz Nr. 5 unter dem Namen Apotheke "Zum Kronprinzen Rudolf" gegründet.

Dieser neue Teil der inneren Stadt und mit ihm seine Apotheke erlebte in der Folge sehr wechselhafte Zeiten. Und wie für so viele Menschen bedeutete der 2. Weltkrieg auch hier eine wesentliche Zäsur. Kriegsbedingte Schäden erzwangen eine mehrmalige Verlegung der Apotheke bis sie schließlich an der noch heute gültigen Adresse Werdertorgasse 5 in den Räumen einer ehemaligen Stoffhandelsfirma ihren Platz fand.

Aus der Apotheke "Zum Kronprinzen Rudolf" wurde die "Werdertor Apotheke" Das Firmenlogo lässt noch die Erinnerung an das uralte Werdertor anklingen, ein Stadttor der ersten Ringmauer des damaligen Wiens, um 1305 entstanden. Der genaue Standort des Werdertors wird am Ende des heutigen Tiefen Grabens vermutet.

Seit dem Jahre 1988 wird die Werdertorapotheke von Familie Mag. Tobola geleitet, welche zunächst als Pächter und bald drauf als Besitzer mit großem Engagement nicht nur die umfassende Versorgung der Menschen mit Heilmitteln garantieren, sondern auch als persönliche Ansprechpartner für alle Fragen und Belange der Gesundheit zur Verfügung stehen.

Seit dem Jahre 2005 präsentiert sich die Apotheke nach umfangreichen Umbau und Modernisierung als zeitgemäßes Unternehmen.